İstanbul Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü’nü tamamladı. İstanbul Teknik Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Anabilim Dalında yüksek lisansını, İstanbul Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Anabilim Dalında doktora eğitimini tamamladı. Doktora eğitimi süresince ve sonrasında farklı zamanlarda Fransa’da Telecom SudParis adlı enstitüde (Institut National des Télécommunications) araştırmacı olarak çalışmıştır. 2009 yılında Yardımcı Doçent, 2019 yılında Doçent ünvanını aldı.
2018-2021 yılları arasında İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Bilgi İşlem Daire Başkanlığı görevini üstlenen Doç. Dr. Muhammed Ali Aydın, 2015-2023 yılları arasında Mühendislik Fakültesi Dekan Yardımcısı olarak görev yaptı.
2016 yılından beri Bilgisayar Mühendisliği Siber Güvenlik Anabilim Dalı Başkanlığı, 2021 yılından beri ise Rektör Danışmanlığı görevlerini sürdürmektedir.
Çalışmalarını Bilgi Güvenliği ve Analizi, Siber Güvenlik, Bilgisayar Yazılımı, Nesnelerin İnterneti, Bilgisayar Ağları ve Haberleşmesi alanlarında yapmaktadır.
